Наш сюжет стартует через 5 лет после окончания четвертой мировой войны шиноби. За это время селения все также находятся в альянсе, на этот раз их силы направлены на отлов преступников по всему миру. Правители стран подписали договор о ненападении, который должен был укрепить дружеские отношения по всему миру. Все это было вызвано просьбой Узумаки Наруто и Учиха Саске, которые получив силу Богов во время военных действий решили создать "мир во всем мире".
Что касается сильных мира сего, так Учиха Мадара, будучи воскрешенным не через Эдо Тенсей смог сбежать с поля боя и оставался в тени достаточно долго, пока его все же не нашли и не уничтожили. Какаши одолел ослабевшего Мадару и тем самым положил конец сильнейшему преступнику всех времен. Орочимару вернулся в Коноху, но ненадолго. Так как созданное им селение было населено различным мутантами с неуравновешенной психикой, его отправили следить за ними. Наруто и Саске, понимая всю свою силу, стали монахами, уединившись в храме шести путей, созданный ими самими. Туда же они принимают всех, кто достоин получить их знания. Обито был возвращен в деревню героем, пожертвовавшим своей жизнью во время поединка с Кагуей. Однако, его полностью восстановили и теперь даже не осталось и шрама, от бывалых ран. Он стал надеждой и опорой клана Учиха, ведь именно он зачал продолжение рода. У него родились близнецы, сын и дочь. Кабуто вернулся туда, где он провел детство и стал присматривать за детьми и всячески помогать приюту.
Что касается злой стороны этого мира. Появился человек, именующий себя приемником Мадары, который собирает войска из преступников, ведь многие не согласились с решением использовать шиноби в мирных целях, что повлекло массовые побеги из селений. Найти этого человека на данный момент крайне сложно или даже невозможно. Никто не знает, как он выглядит и откуда взялся, но те, кто оставался в живых после встречи с ним говорили о его глазах, в которых блистал риннеган, как и у Мадары.

Отдельное спасибо за сюжет Хьюге Ясуо.